At a press conference held by Bruce Wayne to declare his opposition to Arkham City, TYGER mercenaries arrest and imprison him in the City itself. Hugo Strange discloses his knowledge of Wayne's dual identity as Batman before releasing him into the prison's criminal populace. While Strange prepares to commence "Protocol 10", Wayne obtains his equipment via airdrop from Alfred Pennyworth, allowing him to become Batman. He first saves Catwoman from being executed by Two-Face, who hopes to gain respect by murdering her. After Joker attempts to assassinate Catwoman, Batman tracks him to his hideout in the Sionis Steelmill, believing Joker may know the truth behind Protocol 10. There, Batman learns that the unstable properties of the Titan formula are mutating in Joker's blood, gradually killing him. Joker captures Batman and performs a blood transfusion on him, infecting him with the same fatal disease. Joker also reveals that Gotham hospitals have been poisoned with his infected blood. Desperate to save himself and innocent citizens, Batman seeks out Mr. Freeze, who has been developing a cure but has since been kidnapped by the Penguin. Tracking Penguin to his fortified museum, Batman defeats his forces, his imprisoned monster Solomon Grundy, and ultimately the Penguin himself, before liberating Mr. Freeze. Freeze tells Batman that he has created a cure, but it is rendered useless via instability. Batman deduces that the therapeutic properties of Ra's al Ghul's blood can complete the cure and tracks one of his assassins to his underground lair, leading Batman into a confrontation with Ra's and his daughter Talia, Batman's former lover. With Ra's al Ghul's blood, Freeze is able to develop an antidote, but Harley Quinn steals it before Batman can use it.When Batman returns to the Joker, he finds his health has been restored. While the two fight, Strange activates Protocol 10, which is revealed to be a scheme to wipe out the entire population of Arkham City and destroy the criminal element of Gotham. TYGER troops begin executing inmates as Strange launches missile strikes on Arkham's denizens from his base in Wonder Tower. A missile hits the steel mill, burying Batman under rubble. Before Joker can take advantage of the situation, Talia arrives and offers him immortality in exchange for sparing Batman's life. After escaping with the help of Catwoman, Batman is convinced by Alfred to end Protocol 10 before pursuing Talia and Joker. After defeating Clayface, Batman drinks a portion of the antidote and destroys Ra's' rejuven ating Lazarus Pit before Joker can use it. As Batman debates curing his foe, Joker attacks him, inadvertently causing the antidote vial to smash. Batman admits that he would have saved him despite everything Joker had done. Joker finally succumbs to his illness and dies. Batman carries and places Joker's body on the hood of Commissioner Gordon's car before leaving Arkham City in silence في مؤتمر صحفي عقده بروس واين لإعلان معارضته لمدينة Arkham ، قام مرتزقة TYGER باعتقاله وسجنه في المدينة نفسها. يكشف Hugo Strange عن معرفته بهوية Wayne المزدوجة مثل Batman قبل إطلاق سراحه في المجتمع الإجرامي في السجن. بينما يستعد سترينج لبدء "البروتوكول 10" ، يحصل واين على معداته عن طريق الإنزال الجوي من ألفريد بينيورث ، مما يسمح له بأن يصبح باتمان. قام أولاً بإنقاذ المرأة القطة من إعدامها من قبل Two-Face ، التي تأمل في كسب الاحترام بقتلها. بعد أن حاول جوكر اغتيال المرأة القطة ، تعقبه باتمان إلى مخبأه في سيونيس ستيل ميل ، معتقدًا أن جوكر قد يعرف الحقيقة وراء البروتوكول 10. هناك ، يتعلم باتمان أن الخصائص غير المستقرة لصيغة تايتان تتغير في دم جوكر ، مما يؤدي إلى قتله تدريجيًا. يلتقط جوكر باتمان ويقوم بنقل الدم إليه ، مما يؤدي إلى إصابته بنفس المرض المميت. يكشف جوكر أيضًا عن تسمم مستشفيات جوثام بدمه المصاب. في محاولة يائسة لإنقاذ نفسه والمواطنين الأبرياء ، يبحث باتمان عن السيد فريز ، الذي كان يطور علاجًا ولكن تم اختطافه منذ ذلك الحين من قبل البطريق. يتعقب Penguin إلى متحفه المحصن ، يهزم باتمان قواته ، وحشه المسجون Solomon Grundy ، وفي النهاية البطريق نفسه ، قبل تحرير السيد Freeze. يخبر Freeze باتمان أنه ابتكر علاجًا ، لكنه أصبح عديم الفائدة بسبب عدم الاستقرار. يستنتج باتمان أن الخصائص العلاجية لدم رأس الغول يمكن أن تكمل العلاج وتتبع أحد قاتليه إلى مخبئه تحت الأرض ، مما يقود باتمان إلى مواجهة مع رأس وابنته تاليا ، عشيقة باتمان السابقة. بفضل دم رأس الغول ، يستطيع فريز تطوير ترياق ، لكن هارلي كوين يسرقه قبل أن يتمكن باتمان من استخدامه. عندما يعود باتمان إلى الجوكر ، يجد أن صحته قد استعادت. أثناء القتال ، يقوم Strange بتنشيط البروتوكول 10 ، والذي تم الكشف عن أنه مخطط للقضاء على جميع سكان Arkham City وتدمير العنصر الإجرامي في Gotham. تبدأ قوات TYGER في إعدام السجناء بينما يطلق Strange ضربات صاروخية على سكان Arkham من قاعدته في Wonder Tower. صاروخ يضرب مصنع الصلب ، ويدفن باتمان تحت الأنقاض. قبل أن يتمكن جوكر من استغلال الموقف ، تصل تاليا وتقدم له الخلود مقابل الحفاظ على حياة باتمان. بعد الهروب بمساعدة Catwoman ، أقنع ألفريد باتمان بإنهاء البروتوكول 10 قبل متابعة تاليا وجوكر.