A história de Crash Bandicoot 3: Warped (o jogo original, pois não há um remake completo, mas sim um remaster na N. Sane Trilogy) envolve os irmãos Crash e Coco viajando no tempo com a ajuda de Aku Aku para impedir os vilões Uka Uka e Dr. N. Tropy de usarem uma máquina do tempo (o Tornado Temporal) para coletar os Cristais e dominar o mundo, levando os heróis por diversas eras históricas, de dinossauros a futuros distópicos, em uma corrida contra o tempo. Libertação de Uka Uka: Após a destruição da estação espacial de Cortex (do jogo anterior), um pedaço dela libera Uka Uka, a máscara maligna e irmão gêmeo de Aku Aku, de sua prisão. Aliança Vilanesca: Uka Uka, furioso com Cortex por sua incompetência, se une a ele e ao genial viajante do tempo Dr. Nefarious Tropy, o criador do Tornado Temporal, para reverter os acontecimentos e coletar os Cristais espalhados pelo tempo. A Corrida no Tempo: Aku Aku alerta Crash e Coco, que devem entrar no Tornado Temporal para coletar os Cristais antes dos vilões, viajando para diferentes épocas como a Idade Média, Pré-História, Egito Antigo e o futuro. Personagens Jogáveis: Pela primeira vez, Coco Bandicoot se torna jogável, pilotando veículos como jet skis, aviões e até um tigre (Pura), enquanto Crash usa uma moto e um dinossauro (Baby T). Objetivo Final: Derrotar os chefes lacaios de Cortex e Uka Uka, coletar os 25 Cristais e impedir que os vilões escravizem a Terra, culminando em uma batalha final contra Cortex, Uka Uka e N. Tropy.