Isaac Clarke ist ein ganz normaler Techniker auf einer Mission zur Instandhaltung der USG Ishimura, einem gigantischen Abbauschiff, nur um dabei herauszufinden, dass dort etwas Schreckliches geschehen ist. Die gesamte Schiffsbesatzung wurde massakriert und Isaacs geliebte Partnerin Nicole ist an Bord verschollen.