La paroisse vouée à sainte Catherine dAlexandrie a été fondée en 1716 et limpératrice Anne donne la permission de faire bâtir une église sur la perspective Nevski en 1738, mais la construction est interrompue en 1751 à cause du manque de financement. Jean-Baptiste Michel Vallin de la Mothe reprend les travaux vers 1760, mais elle nest terminée quen 1782 grâce à Antonio Rinaldi. Léglise voit passer un certain nombre de personnalités marquantes de lhistoire de la capitale impériale. Stanislas-Auguste de Pologne y est inhumé (sa dépouille sera transférée ensuite en Pologne) et un monument à sa mémoire y est érigé. Le général Moreau y est enterré en 1813 et sa tombe se trouve dans la crypte. Auguste de Montferrand sy est marié et a fait baptiser son fils. Parmi les fidèles, on comptait aussi un certain nombre de convertis de laristocratie russe comme la princesse Zinaïda Volkonskaïa, le décembriste Mikhaïl Lounine, ou le prince Ivan Gagarine, etc. La révolution inaugure, comme ailleurs, une période de répression sanglante. Le curé Constantin Budkiewicz est fusillé en 1923, mais des franciscains continuent épisodiquement à y célébrer la messe jusquen 1938. Elle est alors fermée et saccagée. Son mobilier est dispersé dans la rue, les objets liturgiques profanés. Un incendie détruit lintérieur et les orgues en 1947. Léglise sert ensuite dentrepôt. Cest en 1977 que lon décide de la restaurer pour en faire une salle de concert philharmonique et en 1984 une partie du bâtiment est consacrée à un musée de lathéisme. La paroisse est à nouveau enregistrée en 1991 à la chute de lURSS, mais léglise est dans un tel état que les travaux de restauration prennent plusieurs années. La chapelle de lAnnonciation est ouverte en 1998 à lintérieur et une partie de la nef en 2000. Léglise ne peut retrouver une certaine apparence intérieure quen 2003. La nef est bénite le 29 octobre 2008.