Hora de mais um clássico de porradaria da Capcom, com seu antigo mascote o Capitão Commando! O jogo é estrelado pelo super-herói titular que foi originalmente concebido como um porta-voz fictício usado pela Capcom USA nos jogos de console da empresa durante o final dos anos 80. E se passa em uma versão futurista de Metro City, o cenário do outro beat 'em up da Capcom, Final Fight. O ano é 2026. O mundo está cheio de crimes. Capitão Comando e seus três fiéis Companheiros de Comando se levantam para apagar este crime do Planeta Terra e de toda a Galáxia. Mas os criminosos futuristas que eles têm que lutar são dotados de um poder secreto, oculto e maligno. Muitos deles são Super Criminosos, com habilidades além dos mortais comuns. O líder de todos os Super Criminosos é Scumocide (conhecido como Genocídio no Japão).